Genèse
L’association a été créée à l’initiative d’une sage-femme, Aline, touchée par la détresse et l’isolement de certaines femmes enceintes et émerveillée par leur courage et leur volonté de donner naissance à leur enfant malgré les difficultés et les incertitudes.
Suite au constat alarmant d’un nombre trop restreint de structures d’hébergement pour les femmes enceintes en difficulté, Aline s’entoure de personnes motivées et cherchent à fonder une maison d’accueil pour femmes enceintes.
Une première équipe se fédère autour du projet « Tom Pouce 78 ».
Au programme: visites de structures existantes: les Maisons Tom Pouce et Magnificat, recherche d’un lieu d’accueil, réunions au Conseil Général, constitution d’un dossier CROSMS, etc.
Plusieurs pistes de lieux d’accueil sont explorées dans les Yvelines mais n’aboutissent pas. En parallèle, l’équipe s’étoffe et reçoit son nom: « La Maison de Marthe et Marie ». 
En 2010, naît l’intuition des colocations solidaires: des structures légères, conviviales et sans salarié à plein temps, fondées sur le vivre ensemble.
La constitution et le dépôt des statuts de l’association ont lieu en juillet 2010.
Au mois de mai 2011, la Maison de Marthe et Marie est contactée par l’association Lazare
(colocations pour personnes sans domicile fixe) qui propose à l’association un appartement de 8 chambres à Lyon.
L’été plus que mouvementé est consacré à la recherche de colocataires et à l’aménagement de l’appartement. La colocation démarre en septembre avec une équipe constituée uniquement de volontaires.
En avril, l’association recrute Blandine Durand, la première salariée de l’association.
En mai 2012, l’équipe de volontaires a la joie d’accueillir la première femme enceinte: Nathalie qui donne naissance à Bryan le jour de la fête des mères!
En 2013 la colocation prend ses marques, Blandine promeut l’association auprès des services sociaux de Lyon. L’association reçoit le prix des Irénée d’Or de la Fondation du diocèse de Lyon.
Deux nouveaux bébés naissent dans la colocation en fin d’année.
L’association souhaite que son action prenne de l’ampleur et recrute une directrice: Stéphanie Saboly en février 2014. Elle a pour mission: l’ouverture de nouvelles colocations, la levée de fonds, le développement du projet associatif et la gestion opérationnelle des colocations existantes.
En avril 2014, la Fondation l’Entraide Salésienne propose un appartement à Paris suite à la fermeture d’un foyer d’étudiantes dans leurs locaux. La colocation de Paris ouvre en septembre. En octobre, c’est l’arrivée de la responsable d’antenne: Anne-Laure Parmentier.
2 bébés à Lyon et 1 naissance à Paris viennent finir l’année en beauté.
En 2015, Lazare , les AFC de Nantes et la Maison de Marthe et Marie s’associent pour ouvrir une colocation à Nantes.
La responsable d’antenne, Marie Le Campion, est présente dès septembre pour accueillir les volontaires et la première femme enceinte.
Lucie Closon prend les rennes de la colocation de Lyon.
En 
février 2016 Jeanne Bertin Hugault remplace Aline Dard en tant que présidente du conseil d’administration.
2016 est avant tout une année de consolidation de l’association. En décembre 2016, l’association fête la naissance de son 25ème bébé.
Record pour l’année 2016 avec 5 bébés en même temps dans la colocation de Paris pendant 1 mois!
En avril 2017, la colocation de Strasbourg accueille ses premières colocataires. Il s’agit de la 4ème colocation de la Maison de Marthe et Marie.
Entre Lyon, Paris, Nantes et Strasbourg, l’association propose 15 places pour les futures mamans et 15 places pour des volontaires.
Septembre 2017: ouverture d’une colocation de 6 places dans la métropole lilloise.
Une grosse année de travaux est prévue dans l’immeuble qui accueille la colocation de Paris. Ces aménagements aboutiront sur l’ouverture d’une 2ème colocation à Paris en 2018.
En septembre 2018, la 2ème colocation de Paris ouvre ses portes, c’est notre 6ème appartement, nous sommes désormais en capacité d’accueillir 22 mamans et 22 bébés !
Dans le Nord on déménage en 2019 : La colocation quitte son petit nid de Villeneuve d’Ascq pour rejoindre le centre-ville de Lille. Ce sont désormais 4 mamans, 4 bébés et 4 volontaires qui seront accueillies dans une belle et grande maison traditionnelle.
Stéphanie Saboly, qui dirigeait l’association depuis 2014, part vers de nouveaux horizons. Amélie Merle devient la nouvelle directrice en septembre 2019.